Az afrikai selejtező egy előselejtező körből, egy csoportkörből, és egy pótselejtezőből állt. Az első előselejtező fordulóban 24 csapat vett részt, a párosítások győztesei továbbjutottak a második fordulóba.
A csoportkörben a kiemelés szerinti 1–28. helyen rangsorolt csapatok és az előselejtező 12 továbbjutója vett részt. Tíz csoportot sorsoltak, mindegyikben négy csapat szerepelt. A csoportok első helyezettjei a harmadik fordulóba jutottak.
A harmadik fordulóban a csoportkör 10 továbbjutója vett részt. Öt párosítást sorsoltak, a párosítások győztesei kijutottak a 2014-es labdarúgó-világbajnokságra.
Az első fordulóban a 24 legalacsonyabban rangsorolt válogatott vett részt. 12 párosítást sorsoltak, a csapatok oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg. A párosítások 12 győztese jutott tovább a második fordulóba. A sorsolást 2011. július 30-án tartották Rio de Janeiroban. A mérkőzéseket 2011. november 11-én és 15-én játszották.
A csapatokat két kalapba osztották a kiemelési rangsor szerint. A kalapok az 5. és 6. számokat kapták. Az „5. kalapba” a 29–40., a „6. kalapba” a 41–52. helyezettek kerültek.
A második fordulóban az első forduló 12 továbbjutója és az 1–28. helyen rangsorolt válogatottak vettek részt, összesen 40 csapat. 10 darab csoportot képeztek, mindegyikben négy csapat szerepelt. A csapatok oda-visszavágós, körmérkőzéses rendszerben mérkőztek meg egymással. A csoportok győztesei továbbjutottak a harmadik fordulóba.
A csapatokat négy kalapba osztották a kiemelési rangsor szerint. A kalapokat 1–4-ig számozták. Az „1. kalapba” az 1–10., a „2. kalapba” a 11-20., a „3. kalapba” a 21-28. helyezettek, valamint az első forduló 1., és 2. mérkőzések győztesei, a „4. kalapba” az első forduló 3–12. mérkőzések győztesei kerültek.
A harmadik fordulóban a második forduló 10 továbbjutója vett részt. 5 párosítást sorsoltak, a csapatok oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg. A kiemelést a 2013. szeptemberi FIFA-világranglista alapján végezték. A párosítások sorsolását 2013. szeptember 16-án tartották Kairóban. Az öt párosítás győztese kijutott a 2014-es labdarúgó-világbajnokságra. A mérkőzéseket 2013 októberében és novemberlben játszották.